La obra educativa inicial fue el kinder y la primaria completa. La sede del comienzo fue la casa Nº 16 de la Calle Guaicaipurola Ciudad de los Teques (actualmente cerca del Colegio Ave María). Las hermanas también habitaron por un tiempo una casa en la calle Roscio, cerca de la fábrica Golden Cup, actualmente una guardería.
La fundación fue promovida por el nuncio Apostólico de esa época: Monseñor Fernando Cent, a petición de varios padres de familia. El objetivo inicial fue proporcionar enseñanza elemental y superior a las niñas en el externado (al empezar) y el internado cuando el local lo permitiera. La primera Directora, fundadora en nombre de las FMA fue Sor Dolores Ruiz. El nombre de María Auxiliadora se le da al plantel en función de la advocación principal de la Familia Salesiana
El 20 de Diciembre de 1932, se traslada el Colegio a una quinta perteneciente a la familia del General Juan Vicente Gómez, para ese entonces dictador del país. Esa quinta está ubicada donde actualmente funciona el Ateneo de los Teques.
La obra fue creciendo, las alumnas aumentando y las vocaciones religiosas surgiendo, por ello un nuevo traslado se hizo necesario, esta vez a la quinta Bueno, en la Calle Miranda
Sólo hasta el año 1949 se abre la secundaria propiamente dicha, comenzándose con el primer año equivalente al actual séptimo grado de Educación Básica. Se hace la prosecución de estudios y, con el pasar del tiempo, se abre un Ciclo Diversificado en Ciencias, el cual tuvo que cerrarse en 1971, quedando sólo la primaria y el Ciclo Básico Común. Hoy en día funciona la Básica de primero a Noveno grado dos secciones de cada uno.
En 1990 al 91 comenzó a ejecutarse en el Colegio el Proyecto de Popularización, de vital importancia para esta institución educativa y que actualmente define su orientación filosófica, su política de fondo y su renovación institucional. A través de este proyecto se les da oportunidad de educación de calidad a niñas provenientes de los barrios marginales cercanos al colegio, rescatando con ellos el carisma fundacional del Instituto de las Hijas de María Auxiliadora.
Desde 1996 se inició la coeducación, la educación al estilo Salesiano de Don Bosco y de Madre Mazzarello encauzada para varones a fin de formar para la vida, según la vida, según una sociedad heterogénea para favorecer el crecimiento en sana convivencia.
Desde el año escolar 2008-2009, a nivel organizacional se presenta en el plantel la particularidad de contar con un Equipo Directivo conformado por laicos comprometidos con el carisma salesiano, quienes tienen una larga trayectoria en el plantel y, junto con una representante de las Hijas de María Auxiliadora, comparten la animación de la obra educativa. Además, en el año 2009, nace nuestra institución hermana: Unidad Educativa Privada "Sor Celestina Cillario", la cual honra el nombre de la insigne religiosa que otorgó su vida al servicio de los más pobres en una larga y fructífera trayectoria hasta su partida a la Casa del Padre, a la edad de 101 años. La UEP SORCECI ofrece un servicio educativo de calidad en la misma insfraestructura de la E. B. Colegio "María Auxiliadora" en el horario vespertino, apoyado también en el carisma salesiano.
